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Journal Article

A. R. Deans, Lewis, S. E., Huala, E., Anzaldo, S. S., Ashburner, M., Balhoff, J. P., Blackburn, D. C., Blake, J. A., Burleigh, G. J., Chanet, B., Cooper, L. D., Courtot, M., Csösz, S., Cui, H., Dahdul, W., Das, S., Dececchi, A. T., Dettai, A., Diogo, R., Druzinsky, R. E., Dumontier, M., Franz, N. M., Friedrich, F., Gkoutos, G. V., Haendel, M., Harmon, L. J., Hayamizu, T. F., He, Y., Hines, H. M., Ibrahim, N., Jackson, L. M., Jaiswal, P., James-Zorn, C., Köhler, S., Lecointre, G., Lapp, H., Lawrence, C. J., Le Novère, N., Lundberg, J. G., Macklin, J., Mast, A. R., Midford, P. E., Mikó, I., Mungall, C. J., Oellrich, A., Osumi-Sutherland, D., Parkinson, H., Ramírez, M. J., Richter, S., Robinson, P. N., Ruttenberg, A., Schulz, K. S., Segerdell, E., Seltmann, K. C., Sharkey, M. J., Smith, A. D., Smith, B., Specht, C. D., Squires, B. R., Thacker, R. W., Thessen, A., Fernandez-Triana, J., Vihinen, M., Vize, P. D., Vogt, L., Wall, C. E., Walls, R. L., Westerfeld, M., Wharton, R. A., Wirkner, C. S., Woolley, J. B., Yoder, M. J., Zorn, A. M., and Mabee, P., “Finding Our Way through Phenotypes”, PLoS Biol, vol. 13, p. e1002033, 2015.

A. R. Deans, Lewis, S. E., Huala, E., Anzaldo, S. S., Ashburner, M., Balhoff, J. P., Blackburn, D. C., Blake, J. A., Burleigh, G. J., Chanet, B., Cooper, L. D., Courtot, M., Csösz, S., Cui, H., Dahdul, W., Das, S., Dececchi, A. T., Dettai, A., Diogo, R., Druzinsky, R. E., Dumontier, M., Franz, N. M., Friedrich, F., Gkoutos, G. V., Haendel, M., Harmon, L. J., Hayamizu, T. F., He, Y., Hines, H. M., Ibrahim, N., Jackson, L. M., Jaiswal, P., James-Zorn, C., Köhler, S., Lecointre, G., Lapp, H., Lawrence, C. J., Le Novère, N., Lundberg, J. G., Macklin, J., Mast, A. R., Midford, P. E., Mikó, I., Mungall, C. J., Oellrich, A., Osumi-Sutherland, D., Parkinson, H., Ramírez, M. J., Richter, S., Robinson, P. N., Ruttenberg, A., Schulz, K. S., Segerdell, E., Seltmann, K. C., Sharkey, M. J., Smith, A. D., Smith, B., Specht, C. D., Squires, B. R., Thacker, R. W., Thessen, A., Fernandez-Triana, J., Vihinen, M., Vize, P. D., Vogt, L., Wall, C. E., Walls, R. L., Westerfeld, M., Wharton, R. A., Wirkner, C. S., Woolley, J. B., Yoder, M. J., Zorn, A. M., and Mabee, P., “Finding Our Way through Phenotypes”, PLoS Biol, vol. 13, p. e1002033, 2015.

A. R. Deans, Lewis, S. E., Huala, E., Anzaldo, S. S., Ashburner, M., Balhoff, J. P., Blackburn, D. C., Blake, J. A., Burleigh, G. J., Chanet, B., Cooper, L. D., Courtot, M., Csösz, S., Cui, H., Dahdul, W., Das, S., Dececchi, A. T., Dettai, A., Diogo, R., Druzinsky, R. E., Dumontier, M., Franz, N. M., Friedrich, F., Gkoutos, G. V., Haendel, M., Harmon, L. J., Hayamizu, T. F., He, Y., Hines, H. M., Ibrahim, N., Jackson, L. M., Jaiswal, P., James-Zorn, C., Köhler, S., Lecointre, G., Lapp, H., Lawrence, C. J., Le Novère, N., Lundberg, J. G., Macklin, J., Mast, A. R., Midford, P. E., Mikó, I., Mungall, C. J., Oellrich, A., Osumi-Sutherland, D., Parkinson, H., Ramírez, M. J., Richter, S., Robinson, P. N., Ruttenberg, A., Schulz, K. S., Segerdell, E., Seltmann, K. C., Sharkey, M. J., Smith, A. D., Smith, B., Specht, C. D., Squires, B. R., Thacker, R. W., Thessen, A., Fernandez-Triana, J., Vihinen, M., Vize, P. D., Vogt, L., Wall, C. E., Walls, R. L., Westerfeld, M., Wharton, R. A., Wirkner, C. S., Woolley, J. B., Yoder, M. J., Zorn, A. M., and Mabee, P., “Finding Our Way through Phenotypes”, PLoS Biol, vol. 13, p. e1002033, 2015.

V. Shulaev, Sargent, D. J., Crowhurst, R. N., Mockler, T. C., Folkerts, O., Delcher, A. L., Jaiswal, P., Mockaitis, K., Liston, A., Mane, S. P., Burns, P., Davis, T. M., Slovin, J. P., Bassil, N., Hellens, R. P., Evans, C., Harkins, T., Kodira, C., Desany, B., Crasta, O. R., Jensen, R. V., Allan, A. C., Michael, T. P., Setubal, J. C., Celton, J. - M., Rees, J. D. G., Williams, K. P., Holt, S. H., Rojas, J. J. R., Chatterjee, M., Liu, B., Silva, H., Meisel, L., Adato, A., Filichkin, S. A., Troggio, M., Viola, R., Ashman, T. - L., Wang, H., Dharmawardhana, P., Elser, J., Raja, R., Priest, H. D., Bryant, D. W., Fox, S. E., Givan, S. A., Wilhelm, L. J., Naithani, S., Christoffels, A., Salama, D. Y., Carter, J., Girona, E. L., Zdepski, A., Wang, W., Kerstetter, R. A., Schwab, W., Korban, S. S., Davik, J., Monfort, A., Denoyes-Rothan, B., Arus, P., Mittler, R., Flinn, B., Aharoni, A., Bennetzen, J. L., Salzberg, S. L., Dickerman, A. W., Velasco, R., Borodovsky, M., Veilleux, R. E., and Folta, K. M., “The genome of woodland strawberry (Fragaria vesca)”, Nat Genet, vol. 43, pp. 109 - 116, 2011.

V. Shulaev, Sargent, D. J., Crowhurst, R. N., Mockler, T. C., Folkerts, O., Delcher, A. L., Jaiswal, P., Mockaitis, K., Liston, A., Mane, S. P., Burns, P., Davis, T. M., Slovin, J. P., Bassil, N., Hellens, R. P., Evans, C., Harkins, T., Kodira, C., Desany, B., Crasta, O. R., Jensen, R. V., Allan, A. C., Michael, T. P., Setubal, J. C., Celton, J. - M., Rees, J. D. G., Williams, K. P., Holt, S. H., Rojas, J. J. R., Chatterjee, M., Liu, B., Silva, H., Meisel, L., Adato, A., Filichkin, S. A., Troggio, M., Viola, R., Ashman, T. - L., Wang, H., Dharmawardhana, P., Elser, J., Raja, R., Priest, H. D., Bryant, D. W., Fox, S. E., Givan, S. A., Wilhelm, L. J., Naithani, S., Christoffels, A., Salama, D. Y., Carter, J., Girona, E. L., Zdepski, A., Wang, W., Kerstetter, R. A., Schwab, W., Korban, S. S., Davik, J., Monfort, A., Denoyes-Rothan, B., Arus, P., Mittler, R., Flinn, B., Aharoni, A., Bennetzen, J. L., Salzberg, S. L., Dickerman, A. W., Velasco, R., Borodovsky, M., Veilleux, R. E., and Folta, K. M., “The genome of woodland strawberry (Fragaria vesca)”, Nat Genet, vol. 43, pp. 109 - 116, 2011.

V. Shulaev, Sargent, D. J., Crowhurst, R. N., Mockler, T. C., Folkerts, O., Delcher, A. L., Jaiswal, P., Mockaitis, K., Liston, A., Mane, S. P., Burns, P., Davis, T. M., Slovin, J. P., Bassil, N., Hellens, R. P., Evans, C., Harkins, T., Kodira, C., Desany, B., Crasta, O. R., Jensen, R. V., Allan, A. C., Michael, T. P., Setubal, J. C., Celton, J. - M., Rees, J. D. G., Williams, K. P., Holt, S. H., Rojas, J. J. R., Chatterjee, M., Liu, B., Silva, H., Meisel, L., Adato, A., Filichkin, S. A., Troggio, M., Viola, R., Ashman, T. - L., Wang, H., Dharmawardhana, P., Elser, J., Raja, R., Priest, H. D., Bryant, D. W., Fox, S. E., Givan, S. A., Wilhelm, L. J., Naithani, S., Christoffels, A., Salama, D. Y., Carter, J., Girona, E. L., Zdepski, A., Wang, W., Kerstetter, R. A., Schwab, W., Korban, S. S., Davik, J., Monfort, A., Denoyes-Rothan, B., Arus, P., Mittler, R., Flinn, B., Aharoni, A., Bennetzen, J. L., Salzberg, S. L., Dickerman, A. W., Velasco, R., Borodovsky, M., Veilleux, R. E., and Folta, K. M., “The genome of woodland strawberry (Fragaria vesca)”, Nat Genet, vol. 43, pp. 109 - 116, 2011.

C. N. Arighi, Carterette, B., Cohen, B. K., Krallinger, M., Wilbur, J. W., Fey, P., Dodson, R., Cooper, L., Van Slyke, C. E., Dahdul, W., Mabee, P., Li, D., Harris, B., Gillespie, M., Jimenez, S., Roberts, P., Matthews, L., Becker, K., Drabkin, H., Bello, S., Licata, L., Chatr-aryamontri, A., Schaeffer, M. L., Park, J., Haendel, M., Van Auken, K., Li, Y., Chan, J., Muller, H. - M., Cui, H., Balhoff, J. P., Chi-Yang Wu, J., Lu, Z., Wei, C. - H., Tudor, C. O., Raja, K., Subramani, S., Natarajan, J., Cejuela, J. M., Dubey, P., and Wu, C., “An overview of the BioCreative 2012 Workshop Track III: interactive text mining task”, Database, vol. 2013, 2013.

C. N. Arighi, Carterette, B., Cohen, B. K., Krallinger, M., Wilbur, J. W., Fey, P., Dodson, R., Cooper, L., Van Slyke, C. E., Dahdul, W., Mabee, P., Li, D., Harris, B., Gillespie, M., Jimenez, S., Roberts, P., Matthews, L., Becker, K., Drabkin, H., Bello, S., Licata, L., Chatr-aryamontri, A., Schaeffer, M. L., Park, J., Haendel, M., Van Auken, K., Li, Y., Chan, J., Muller, H. - M., Cui, H., Balhoff, J. P., Chi-Yang Wu, J., Lu, Z., Wei, C. - H., Tudor, C. O., Raja, K., Subramani, S., Natarajan, J., Cejuela, J. M., Dubey, P., and Wu, C., “An overview of the BioCreative 2012 Workshop Track III: interactive text mining task”, Database, vol. 2013, 2013.

S. Avraham, Tung, C. - W., Ilic, K., Jaiswal, P., Kellogg, E. A., McCouch, S., Pujar, A., Reiser, L., Rhee, S. Y., Sachs, M. M., Schaeffer, M., Stein, L., Stevens, P., Vincent, L., Zapata, F., and Ware, D., “The Plant Ontology Database: a community resource for plant structure and developmental stages controlled vocabulary and annotations”, Nucleic Acids Research, vol. 36, pp. D449-54, 2008.

P. Jaiswal, Avraham, S., Ilic, K., Kellogg, E. A., McCouch, S., Pujar, A., Reiser, L., Rhee, S. Y., Sachs, M. M., Schaeffer, M., Stein, L., Stevens, P., Vincent, L., Ware, D., and Zapata, F., “Plant Ontology (PO): a Controlled Vocabulary of Plant Structures and Growth Stages”, Comparative and Functional Genomics, vol. 6, no. 7-8, pp. 388-97, 2005.

K. Ilic, Kellogg, E. A., Jaiswal, P., Zapata, F., Stevens, P. F., Vincent, L. P., Avraham, S., Reiser, L., Pujar, A., Sachs, M. M., Whitman, N. T., McCouch, S. R., Schaeffer, M. L., Ware, D. H., Stein, L. D., and Rhee, S. Y., “The Plant Structure Ontology, a Unified Vocabulary of Anatomy and Morphology of a Flowering Plant”, Plant Physiology, vol. 143, no. 2, pp. 587-99, 2007.

K. Van Auken, Fey, P., Berardini, T. Z., Dodson, R., Cooper, L., Li, D., Chan, J., Li, Y., Basu, S., Muller, H. - M., Chisholm, R., Huala, E., and Sternberg, P. W., “Text mining in the biocuration workflow: applications for literature curation at WormBase, dictyBase and TAIR”, Database, vol. 2012, 2012.

A. Pujar, Jaiswal, P., Kellogg, E. A., Ilic, K., Vincent, L., Avraham, S., Stevens, P., Zapata, F., Reiser, L., Rhee, S. Y., Sachs, M. M., Schaeffer, M., Stein, L., Ware, D., and McCouch, S., “Whole-plant growth stage ontology for angiosperms and its application in plant biology”, Plant Physiology, vol. 142, no. 2, pp. 414-28, 2006.